สำนักงานสภามหาวิทยาลัย เป็นส่วนงานที่จัดตั้งขึ้นตามมาตรา 9 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยแม่โจ้ พ.ศ. 2560 โดยสภามหาวิทยาลัยแม่โจ้ ในการประชุมครั้งที่ 2/2562 เมื่อวันที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2562 มีมติอนุมัติจัดตั้งสำนักงานสภามหาวิทยาลัย เป็นหน่วยงานที่มีภาระหน้าที่ในการสนับสนุนกิจการของสภามหาวิทยาลัยตามอำนาจหน้าที่ ในมาตรา 22 แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยแม่โจ้ พ.ศ. 2560 และคณะกรรมการหรือคณะอนุกรรมการต่าง ๆ ของสภามหาวิทยาลัย รวมทั้งภาระหน้าที่อื่นตามที่ได้รับมอบหมาย ตามประกาศมหาวิทยาลัยแม่โจ้ เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานของมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2562 ลงวันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2562
ต่อมา ได้มีการแบ่งส่วนงานภายในของสำนักงานสภามหาวิทยาลัยเป็นกองเลขานุการสภามหาวิทยาลัย ตามมติสภามหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 3/2562 เมื่อวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2562
คณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 5/2562 เมื่อวันที่ 26 มิถุนายน 2562 จึงประกาศแบ่งหน่วยงานย่อยภายในกองเลขานุการสภามหาวิทยาลัย ประกอบด้วย งานบริหารและธุรการ งานจัดการประชุม งานสรรหา ติดตาม และประเมินผล และงานวิเคราะห์และสารสนเทศ โดยคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย ในการประชุม ครั้งที่ 3/2563 เมื่อวันที่ 12 กุมภาพันธ์ 2563 มีมติเห็นชอบให้เปลี่ยนหน่วยงานย่อยภายในหน่วยงาน จาก “งานบริหารและธุรการ เป็น “งานอำนวยการ” การแบ่งหน่วยงานย่อยภายในกองเลขานุการสภามหาวิทยาลัยประกอบด้วย งานอำนวยการ งานจัดการประชุม งานสรรหา ติดตาม และประเมินผล และงานวิเคราะห์และสารสนเทศ
และคณะกรรมการบริหารมหาวิทยาลัย ในการประชุมครั้งที่ 1/2564 เมื่อวันที่ 13 มกราคม 2564 มีมติเห็นชอบให้ปรับโครงสร้างหน่วยงานภายในกองเลขานุการสภามหาวิทยาลัย จึงประกอบด้วย 3 งาน ดังนี้
(1) งานอำนวยการ
(2) งานจัดการประชุม
(3) งานสรรหา ติดตาม และประเมินผล
เนื่องจากมีการแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของกองเลขานุการสภามหาวิทยาลัยใหม่ ตามประกาศมหาวิทยาลัยแม่โจ้ เรื่อง การแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของหน่วยงาน (ฉบับที่ 10) ประกาศ ณ วันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2569 ให้แบ่งหน่วยงานย่อยภายในกองเลขานุการสภามหาวิทยาลัย ดังนี้
(1) งานบริหารกิจการสภามหาวิทยาลัย
(2) งานสรรหา ติดตามและประเมินผล
ซึ่งมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2569 และให้จัดสรรอัตรากำลังบุคลากรตามการแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของหน่วยงาน ตามคำสั่งมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ที่ 619/2569 ลงวันที่ 29 พฤษภาคม พ.ศ. 2569 เรื่อง จัดสรรอัตรากำลังบุคลากรตามการแบ่งหน่วยงานย่อยภายในของหน่วยงาน